Εξετασθέα ύλη στα μαθήματα Βϊοπληροφορική και Προγραμματισμός Δικτύων

Εξετασθέα ύλη στα μαθήματα Βϊοπληροφορική και Προγραμματισμός Δικτύων

Βιοπληροφορική

Από το βιβλίο «Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βϊοπληροφορικής»

Κεφάλαιο 3 «Εισαγωγή στην μοριακή βιολογία» , όλο το κεφάλαιο

Καφάλαιο 6 – Αλγόριθμοι δυνσμικού προγραμματισμού – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 8 – Αλγόριθμοι γραφημάτων – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 10 – Ομαδοποίηση και δέντρα – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 11 – Κρυφά μοντέλα Markov – από σελ.429 μέχρι σελ 440 (μέχρι δηλ. 11.4 Εκτίμηση παραμέτρων ΗΜΜ, χωρίς)

Από τις ξενόγλωσσες σημειώσεις η παρακάτω ύλη υπερκαλύπτεται από το βιβλίο του Pevzner,
στις ξενόγλωσσες σημειώσεις όμως παρουσιάζεται κάπως απλούστερα και η μελέτη της μπορεί
να βοηθήσει συμπληρωματικά

Chapter 1 – Είναι εισαγωγικό, απλά χρειάζεται για την κατανόηση του τι είναι Βϊοπληροφορική και με τι ασχολείται

Chapter 2 Sequence Alignment, σελ. 15-27

Chapter 3 Local Alignments and Database Searches, σελ. 33-40 (μέχρι πριν την 3.3 Expectation Values)

Chapter 4 – όχι

Chapter 5 – Hidden Markov Models and Sequence Logos – Ναι, όλο

Chapter 6 – Analysis of gene expression data, ναι όλο

Προγραμματισμός Δικτύων

Από το βιβλίο «ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΟΣ ΔΙΚΤΥΑΚΩΝ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΜΕ JAVA, ELLIOTTE RUSTY HAROLD»,

Το κεφάλαιο 1 είναι εισαγωγικό, είναι σημαντικό να κατέχονται οι βασικές γνώσεις από πλευρά δικτύων.

Το κεφάλαιο 2, περιγράφει τα streams της Java που αποτελούν βασική υποδομή για ανάπτυξη δικτυακών εφαρμογών με Java,
επομένως είναι στην ύλη όλο.

Το κεφάλαιο 3, είναι βασικότατο (για το multithreading), όπως τονίστηκε στα μαθήματα, είναι το πιο «ακαδημαϊκό» τμήμα της ύλης,
αρκετά θέματα θα είναι από αυτό

Το κεφάλαιο 4 (Internet Addresses), κεφάλαιο 5 (URLs και URIs), κεφάλαιο 6 (HTTP), κεφάλαιο 7 (URLConnections) ένα πέρασμα για να κατανοηθούν
οι αντίστοιχες έννοιες, είναι απλά κεφάλαια με αραιό υλικό, περισσότερο είναι περιγραφή κλάσεων και μεθόδων, σε στυλ user manual,
αλλά οι βασικές έννοιες είναι χρησιμότατες στην πράξη για ανάπτυξη εφαρμογών.

Η ύλη ολοκληρώνεται με τα κεφάλαια που αφορούν τα sockets, που αποτελούν ουσιαστικό τμήμα της ύλης. Αναφορικά με τα sockets, έχουμε κάνει τα
εξής 3 κεφάλαια: κεφάλαιo 8, Sockets for Clients, κεφάλαιο 7, Sockets for Servers και Κεφάλαιο 12, UDP.

Ο διδάσκων
Στέργιος Παπαδημητρίου