Πτυχιακή εργασία για παράλληλη επεξεργασία next generation DNA sequencing data σε GPUs

Θέμα της προτεινόμενης πτυχιακής είναι η επεξεργασία next generation sequencing data σε Graphical Processing Units (GPUs). Ο όγκος των δεδομένων που δίνουν οι σύγχρονοι DNA sequencers είναι ήδη τεράστιος και αυξάνεται εκθετικά με την βελτίωση των τεχνολογιών sequencing.
Η εφαρμογή αλγορίθμων ανάλυσης σε συμβατικούς γρήγορους επεξεργαστές (π.χ. 4GHz i7) πρακτικά παρουσιάζει πρόβλημα γιατί χρειάζονται αρκετές ώρες και μερικές φορές μέρες (και εβδομάδες!) για να παρθούν αποτελέσματα.
Το μαζικό parallelization της επεξεργασίας χρησιμοποιώντας GPUs (η NVIDIA CUDA είναι το πρακτικότερο πλαίσιο)
μπορεί να μειώσει δραματικά τους χρόνους, στην κλίμακα των μερικών λεπτών (minutes) κάνοντας εφικτή πρακτικά την
επεξεργασία.
Στα πλαίσια της πτυχιακής θα μελετηθούν αρχικά θεωρητικά τα θέματα αυτά.
Στην συνέχεια είναι πολύ επιθυμητό αν και όχι προαπαιτούμενο να εφαρμοστεί η CUDA σε πραγματικά δεδομένα
next generation sequencing.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email επικοινωνίας για τους ενδιαφερόμενους: sterg@teiemt.gr