Το τμήμα διοικείται από την Γενική Συνέλευση, τον Πρόεδρο του τμήματος και τους διευθυντές των τομέων. Στην Γενική Συνέλευση συμμετέχουν όλα τα μέλη του Εκπαιδευτικού Προσωπικού και Εκπρόσωποι των Σπουδαστών. Ο Πρόεδρος του τμήματος προεδρεύει της Συνέλευσης και εκλέγεται ανά διετία από το Εκπαιδευτικό προσωπικό του τμήματος. Στο Τμήμα λειτουργούν δύο τομείς :
- Ο τομέας Υπολογιστικών Συστημάτων στην εποπτεία του οποίου υπάγονται οι κατευθύνσεις Μηχανικών Λογισμικού και Μηχανικών Δικτύων
- Ο τομέας Συστημάτων Παραγωγής στην εποπτεία του οποίου υπάγεται η κατεύθυνση Μηχανικών Η\Υ
Οι δύο τομείς διοικούνται από τον εκάστοτε διευθυντή τομέα που εκλέγεται από την συνέλευση του τμήματος κάθε 2 έτη.
