Κατάσταση Ατυπης Εξεταστικής Εργαστήριο Λειτουργικά ΙΙ

Γεωργακούδης Ευαγγελος 2999 9, εννέα
Γίγας Ευστράτιος 2643 1, ένα
Γκερζελή Κων/να 3708 6, έξι
Γρένδας Γιάννης 3861 4, τέσσερα
Δαμιανίδης Δημήτιος 4008 5, πέντε
Ζαφειρούδης Ιωάννης 3723 5, πέντε
Ζότκα Αργκεν 3883 5, πέντε
Ηλιόπουλος Οδυσσέας 4001 3, τρία
Καλάιτζογλου Γεώργιος 3888 2, δύο
Καραβαλάκης Γεώργιος 3994 3, τρία
Κασάπη Ζωή 3321 6, έξι
Κατίγκας Θωμάς 3734 4, τέσσερα
Κερέκου Αινίας 3738 4, τέσσερα
Κουφουδάκης Δημήτριος 3893 5, πέντε
Κρίκης Παναγιώτης 3879 5, πέντε
Λευκίας Ηλίας 3983 5, πέντε
Μιχαήλ Δημήτρης 4024 5, πέντε
Μπεη Βασιλική 4029 7, επτά
Μπήτος Θεόδωρος 3890 5, πέντε
Μπουριτζής Θεοδόσιος 3179 7, επτά
Πανταζίδης Χρήστος 3439 6, έξι
Παπαμαρινούδης Δημήτρης 4027 1, ένα
Παπαργυρίου Μιχαήλ 3381 1, ένα
Πλιάκος Φώτης 3572 6, έξι
Σπανίδης Θεμιστοκλής 3340 3, τρία
Σταμάτης Ιωάννης 3373 1, ένα
Σταυρίδης Δημήτρης 3859 7, επτά
Ταξόπουλος Γιώργος 892 8, οκτώ
Τάτα Αρντολντ 3326 7, επτά
Τζεβελέκης Παρασκευάς 3538 4, τέσσερα
Τοντόροβ Ανγκελ 3957 5, πέντε
Φειτογλου Εμρε 3833 7, επτά

Οσοι το έχουν περάσει δεν θα το ξαναδώσουν τον Ιανουάριο

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Βαθμολογία άτυπης εξεταστικής στο εργαστήριο Λειτουργικά ΙΙ appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Από το βιβλίο «Java Network Programming» που πήρατε την ελληνική μετάφραση,
βγαίνει μόνο το κεφάλαιο 11,
«Nonblocking Ι/Ο»

Προηγμένα Θέματα Προγραμματισμού

Από το βιβλίο «The C++ Programming language» του Bjarne Stroustrup,
που πήρατε μεταφρασμένο,
είναι στην ύλη τα πρώτα 22 κεφάλαια, δηλαδή μέχρι και χωρίς τα Templates.

Βϊοπληροφορική

Επειδή στο τωρινό εξάμηνο το μάθημα αντικαταστάθηκε με «Προγραμματισμό Java»,
οι παλιοί φοιτητές θα εξεταστούν στην σχετική ύλη της Βϊοπληροφορικής που διδάχτηκαν σε προηγούμενα έτη.

Οι τωρινοί φοιτητές θα εξεταστούν από το βιβλίο «Java SE 9 for the Impatient» του Cay S. Horstmann,
που διδάχτηκε και
τα πρώτα 9 κεφάλαια είναι στην ύλη (σελ. 1-326), μέχρι και χωρίς το «Concurrent Programming»

Τα μαθήματα της Τρίτης 28/5, Τετάρτης 29/5, Πέμπτης 30/5 θα γίνουν.

Την εβδομάδα των «αναπληρώσεων» (3/6 με 7/6) δεν θα γίνουν μαθήματα.

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Υλη στα μαθήματα Προγραμματισμός Δικτύων, Προηγμένα Θέματα Προγραμματισμού, Βϊοπληροφορική appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Λειτουργικά Συστήματα Ι

1. Tanenbaum, σελ. 1-167, 181-201, 201-221, 263-332, 337-388
2. Linux Kernel Development, 231-260
3. Operating Systems Concepts, 10th edition, ενότητα 20.3 Kernel Modules, σελ. 783-786.

Λειτουργικά Συστήματα ΙΙ

Τα κεφάλαια για Linux του Tanenbaum και των «δεινοσαύρων»
καλύπτουν σημαντικό τμήμα της ύλης (κάπου 70-80%). Αλλα τμήματα της ύλης που παρουσιάστηκε είναι:

1. Tanenbaum, σελ. 1-35, σελ. 714-751
2. How Linux Works, 1-35
3. Linux Kernel Development, 23-40, 113-116, 261-288
4. Understanding the Linux Kernel, 189-199, 738-753
5. Operating Systems Concepts, 10th edition, ενότητα 20.7.2 The Linux ext3 File System, σελ. 805-808.

Μεταγλωττιστές

1. Από την 3η Αμερικάνικη έκδοση του Scott, στην οποία βασίστηκαν οι παρουσιάσεις:
α. σελ. 5-76,
β. σελ. 111-143,
γ. σελ. 144-151
Το .pdf του βιβλίου είναι ανεβασμένο στο internet, βλέπετε την σχετική ανακοίνωση με τα links.
Από τον Εύδοξο έχετε πάρει την ελληνική μετάφραση που καλύπτει πλήρως την αντίστοιχη ύλη.
Από την Ελληνική μετάφραση του Scott, που αναφέρετε στην 2η Αμερικάνικη έκδοση, η αντιστοίχιση της ύλης έχει ως εξής:
α. Εισαγωγή σελ.35-60
β. Κεφάλαιο 2, Σύνταξη των γλωσσών προγραμματισμού, σελ.65-94 (μέχρι και χωρίς την 2.3.2 Καθοδική συντακτική ανάλυση βασισμένη σε πίνακα)
γ. Κεφάλαιο 3. Ονόματα, εμβέλεια και δέσμευση
σελ. 123-163

2. Από το βιβλίο, Core Java SE 9 for the impatient, του Horstmann, Κεφάλαιο 3: Interfaces and Lambda expressions, σελ. 349-473

Καλό διάβασμα και καλή επιτυχία στις εξετάσεις.

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Τελική διαμόρφωση της ύλης σε Λειτουργικά Ι, Λειτουργικά ΙΙ, Μεταγλωττιστές appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

https://sourceforge.net/projects/groovylab/files//

Στέργιος Παπαδημητρίου, email: sterg@teiemt.gr

The post Βιβλιογραφία Μεταπτυχιακού μαθήματος «Αλγόριθμοι και Συστήματα για Επεξεργασία Μεγάλων Δεδομένων» appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

https://sourceforge.net/projects/groovylab/files/?source=navbar

κάνοντας download το file: references.zip που περιέχει τα αγγλικά pdf.

Ο διδάσκων
Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Βιβλιογραφικό υλικό για Λειτουργικά Ι,ΙΙ και Μεταγλωττιστές appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Τα αποτελέσματα έχουν ως εξής (ΑΜ και βαθμός):

3399 1, ένα
2947 2, δύο
3643 5, πέντε
3696 8, οκτώ
3317 6, έξι
3624 1, ένα
3514 6, έξι
3631 5, πέντε
3142 3, τρία
3321 1, ένα
3169 5, πέντε
2993 3, τρία
3755 3, τρία
3366 3, τρία
3504 3, τρία
3149 3, τρία
3788 3, τρία
3606 5, πέντε
3799 3, τρία
3801 3, τρία
3808 1, ένα
3617 3, τρία
2977 1, ένα
3836 6, έξι

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Βαθμολογία άτυπης εξέτασης εργαστηρίου Λειτουργικά Συστήματα ΙΙ appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

https://sourceforge.net/projects/groovylab/files/?source=navbar

Κατεβάζεται τα files: references2.zip, references3.zip

Παρακάτω θα αναφέρεται η ύλη που θα διδάσκεται από τις σχετικές αναφορές και που θα αποτελεί και την εξετασθέα ύλη.

Διαμόρφωση ύλης

Βιοπληροφορική

1. Κεφάλαιο 3, «Εισαγωγή στην Μοριακή Βιολογία», από Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής του Pevzner

2. Από το βιβλίο «Bioinformatics and Functional Genomics» του Jonathan Pevzner, τα εισαγωγικά για βάσεις δεδομένων Βιοπληροφορικής, σελ. 1-42

3. Κεφάλαιο 6, «Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού», από Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής του Pevzner

4. Κεφάλαιο 8, «Αλγόριθμοι Γραφημάτων», από Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής του Pevzner

5. Κεφάλαιο 10, «Clustering and Trees», από Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής του Pevzner

6. Από το βιβλίο (ebook) TheoreticalBiologyBioinformatics.pdf, που είναι στο file references5.zip, της σελίδας:

https://sourceforge.net/projects/groovylab/files/?source=navbar
το κεφάλαιο Chapter 5, Hidden Markov Models and Sequence logos, σελ. 76-80,

και από την εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής του Pevzner, το αντίστοιχο κεφάλαιο 11, «Hidden Markov Models»

Προγραμματισμός Δικτύων

1. Κεφάλαιο 1 και 2 από το Java Network Programming, σελ. 1-52

2. Κεφάλαιο 3 από το Java Network Programming, «Threads», Πολύ σημαντικό, σελ. 53-93

3. Κεφάλαιο 4, από το Java Network Programming, «Internet Addresses», σελ. 93-117

4. Κεφάλαιο 5, από το Java Network Programming, «URLs and URLs», σελ. 118-169

5. Κεφάλαιο 6, από το Java Network Programming, «HTTP», σελ. 169-187

6. Κεφάλαιο 8, από το Java Network Programming, «Sockets for Clients», σελ.237-282

7. Κεφάλαιο 9, από το Java Network Programming, «Sockets for Servers», σελ. 283-324

8. Κεφάλαιο 10, από το Java Network Programming, Secure Sockets, σελ. 325-346

9. Κεφάλαιο 12, από το Java Network Programming, «UDP», σελ. 393-442

10. Κεφάλαιο 13, από το Java Network Programming, «Multicast Sockets», σελ. 443-464

Προηγμένα Θέματα Προγραμματισμού

1. Κεφάλαιο 2 από το The C++ Programming Language του Stroustrup, σελ. 1-58

2. Κεφάλαιο 3 από το The C++ Programming Language του Stroustrup, σελ. 59-76

3. Κεφάλαια 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 17 από το «Scala for the Impatient»

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Βιβλιογραφία και διαμόρφωση ύλης στα μαθήματα Βϊοπληροφορική, Προγραματισμός Δικτύων και Προηγμένα Θέματα Προγραμματισμού appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Η πτυχιακή αναφέρεται σε βελτίωση προηγούμενης πτυχιακής, όπου γίνεται ανίχνευση κίνησης
με portable κώδικα Java, με λίγο μόνο machine dependent κώδικα που κάνει το interfacing με τους
drivers, και που υπάρχει έτοιμος για Linux, Windows και MacOS.

Στα πλαίσια της παρούσας πτυχιακής θα μελετηθεί πρώτα ο κώδικας που υπάρχει ήδη,
με έμφαση στους αλγορίθμους εντοπισμού κίνησης,
και θα γίνει προσπάθεια βελτιώσεων,
τόσο αλγοριθμικών, όσο και στην χρήση του συστήματος ιδιαίτερα σε δικτυακό περιβάλλον.

Ο|ι ενδιαφερόμενοι μπορούν να επικοινωνήσουν με email: sterg@teiemt.gr
για περαιτέρω συντονισμό.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακή για ανίχνευση κίνησης από web camera appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Τα μεταφρασμένα βιβλία από τον Εύδοξο, δηλ. τα Λειτουργικά Συστήματα του Tanenbaum,
και η Πραγματολογία του Scott, καλύπτουν πλήρως το αντίστοιχο υλικό που έχει
διδαχτεί με βάση τις ξενόγλωσσες νεώτερες εκδόσεις των ίδιων βιβλίων.

Η εξέταση του εργαστηρίου Λειτουργικών Συστημάτων ΙΙ,
θα γίνει γραπτώς, σε διάρκεια 30 λεπτά της ώρας,
στην ώρα της εξέτασης στα Λειτουργικά ΙΙ
(δηλ. 1 ώρα θα δοθεί για την θεωρία και μισή ώρα
για το εργαστήριο).

Επιπλέον μαθήματα δεν θα γίνουν.

Παρακάτω παρουσιάζεται η τελική εξετασθέα ύλη.

Λειτουργικά Ι

1. Tanenbaum, Introduction σελ. 1-80
2. Tanenbaum, Processes and threads σελ. 85-170
3. Από το Understanding the Linux Kernel, ενότητα «Kernel Preemption», σελ. 190-192
4. Tanenbaum, Memory Management, p. 181-208

Λειτουργικά II – Θεωρία

1. Understanding the Linux Kernel σελ. 35-45
2. Linux Kernel Development, Chapter 3, σελ 23-40
3. Linux Kernel Development, Chapter 4, Process Scheduling, p. 41-69
4. Linux Kernel Development, Chapter 12, Memory Management, p. 231-260
5. Linux Kernel Development, Chapter 13, The Virtual Filesystem, p. 261-289
6. Linux kernel Development, Chapter 14, The Block I/O layer, . 289-304

Λειτουργικά ΙΙ – Εργαστήριο
1. How Linux Works, κεφάλαιο 2, Basic commands and directory hierachy
2. How Linux Works, κεφάλαιο 3, Devices
3. How Linux Works, κεφάλαιο 4, Disks and filesystems
4. How Linux Works, κεφάλαιο 5, How the linux kernel boots
5. How Linux Works, κεφάλαιο 6, How user space starts, p. 111-129

Μεταγλωττιστές

1. Scott, Εισαγωγή σελ. 3-41
2. Scott, Lexical analysis, Grammars, σελ. 41-51
3. Scott, σελ. 51-62
4. Scott, σελ. 67-75
5. Scott, σελ. 111-133
6. Scott, σελ. 134-162
7. Scott, σελ. 219-228
8. The C++ programming language, p. 37-53

Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Εξεταστέα ύλη στα μαθήματα Λειτουργικά συστήματα Ι, ΙΙ και Μεταγλωττιστές appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Αρχικά θα μελετηθεί συγκριτικά το θεωρητικό πλαίσιο υποστήριξης concurrency στην Java 9 και στην C++11/14.
Στην συνέχεια θα αναπτυχθεί πειραματικά με benchmarking η απόδοση ορισμένων προγραμμάτων Java και C++, π.χ.
για παράλληλο χειρισμό data structures, για να γίνει και κάποια πειραματική σύγκριση.

Θέμα 2 High-Performance Computing

Μελέτη τεχνικών για την βελτιστοποίηση των πολλαπλών επιπέδων caches (L1, L2, L3) των σύγχρονων επεξεργαστών και του
παραλληλισμού τους.
Εφαρμογή στην βελτιστοποίηση υπολογιστικών αλγορίθμων με κατάλληλλες αναδιατάξεις (reorderings) λειτουργιών
για υπολογιστικά τμήματα κώδικα (π.χ. γρήγορο πολλαπλασιασμό πινάκων).

Οι ενδιαφερόμενοι παρακαλούνται να επικοινωνήσουν πρώτα με email για περαιτέρω συντονισμό.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Προτεινόμενα θέματα πτυχιακών appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Ο διδάσκων
Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Εξέταση εργαστηρίου Λειτουργικά Συστήματα ΙΙ appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

1. Διασύνδεση Julia με Java Plotting

H Julia είναι μια σύγχρονη γλώσσα για επιστημονικό προγραμματισμό που ενσωματώνει τις τελευταίες τεχνολογίες compilation.
Ομως, προς το παρόν, δεν έχει κάποιο standard πλαίσιο για plotting στην βασική γλώσσα, χρειάζεται δηλαδή εγκατάσταση εξωτερικών πακέτων για plotting.

Στόχος της πτυχιακής είναι η εργασία γύρω από το πλαίσιο που άρχισα στο project

https://github.com/sterglee/JuliaPlottingWithJava

που επιτρέπει σε Julia κώδικα να καλεί τις plotting ρουτίνες της ScalaLab που είναι σε Java.

2. Υλοποίηση του interface της ScalaLab σε JavaFX

Η πτυχιακή αυτή είναι στο πλαίσιο της εργασίας που άρχισα στο project

https://github.com/sterglee/fxScalaLab

και αφορά την υλοποίηση του user interface της ScalaLab σε JavaFX.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Προτεινόμενες πτυχιακές appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

2. Θεωρητική και πειραματική συγκριτική αξιολόγηση σύγχρονων συστημάτων αρχείων.

Στην εργασία αυτή αναμένεται να μελετηθούν οι αρχιτεκτονικές σύγχρονων συστημάτων αρχείων, με προτίμηση στα open source, και συγκεκριμένα του ext4, btrfs (Linux) και zfs (FreeBSD). Το ext4 είναι σχετικά συμβατικό σύστημα αρχείων υψηλής απόδοσης, ενώ τα btrfs και zfs εισάγουν πλήθος νέων τεχνολογιών, οι οποίες πρέπει να μελετηθούν και να παρουσιαστούν πλεονεκτήματα/μειονεκτήματα που έχουν. Τέλος, χρειάζεται να πραγματοποιθούν και ορισμένα benchmarks για να φανούν πτυχές από την πραγματική απόδοση των αντίστοιχων συστημάτων αρχείων.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Προτεινόμενες πτυχιακές στο αντικείμενο των Λειτουργικών Συστημάτων appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Η πτυχιακή θα βασιστεί στο πολύ καλό βιβλίο:

«How Linux Works» 2nd edition, 2014, Brian Ward, no stratch press

https://www.nostarch.com/howlinuxworks2

Θα αναπτυχθούν παραδείγματα προηγμένης χρήσης του Linux,
και υλικό κατάλληλο για ενδεχόμενο εργαστήριο Λειτουργικών Συστημάτων.

Στέργιος Παπαδημητρίου

sterg@teiemt.gr

The post Προτεινόμενη Πτυχιακή για Linux appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Βιοπληροφορική

Από το βιβλίο «Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βϊοπληροφορικής»

Κεφάλαιο 3 «Εισαγωγή στην μοριακή βιολογία» , όλο το κεφάλαιο

Καφάλαιο 6 – Αλγόριθμοι δυνσμικού προγραμματισμού – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 8 – Αλγόριθμοι γραφημάτων – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 10 – Ομαδοποίηση και δέντρα – όλο το κεφάλαιο

Κεφάλαιο 11 – Κρυφά μοντέλα Markov – από σελ.429 μέχρι σελ 440 (μέχρι δηλ. 11.4 Εκτίμηση παραμέτρων ΗΜΜ, χωρίς)

Από τις ξενόγλωσσες σημειώσεις η παρακάτω ύλη υπερκαλύπτεται από το βιβλίο του Pevzner,
στις ξενόγλωσσες σημειώσεις όμως παρουσιάζεται κάπως απλούστερα και η μελέτη της μπορεί
να βοηθήσει συμπληρωματικά

Chapter 1 – Είναι εισαγωγικό, απλά χρειάζεται για την κατανόηση του τι είναι Βϊοπληροφορική και με τι ασχολείται

Chapter 2 Sequence Alignment, σελ. 15-27

Chapter 3 Local Alignments and Database Searches, σελ. 33-40 (μέχρι πριν την 3.3 Expectation Values)

Chapter 4 – όχι

Chapter 5 – Hidden Markov Models and Sequence Logos – Ναι, όλο

Chapter 6 – Analysis of gene expression data, ναι όλο

Προγραμματισμός Δικτύων

Από το βιβλίο «ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΟΣ ΔΙΚΤΥΑΚΩΝ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΜΕ JAVA, ELLIOTTE RUSTY HAROLD»,

Το κεφάλαιο 1 είναι εισαγωγικό, είναι σημαντικό να κατέχονται οι βασικές γνώσεις από πλευρά δικτύων.

Το κεφάλαιο 2, περιγράφει τα streams της Java που αποτελούν βασική υποδομή για ανάπτυξη δικτυακών εφαρμογών με Java,
επομένως είναι στην ύλη όλο.

Το κεφάλαιο 3, είναι βασικότατο (για το multithreading), όπως τονίστηκε στα μαθήματα, είναι το πιο «ακαδημαϊκό» τμήμα της ύλης,
αρκετά θέματα θα είναι από αυτό

Το κεφάλαιο 4 (Internet Addresses), κεφάλαιο 5 (URLs και URIs), κεφάλαιο 6 (HTTP), κεφάλαιο 7 (URLConnections) ένα πέρασμα για να κατανοηθούν
οι αντίστοιχες έννοιες, είναι απλά κεφάλαια με αραιό υλικό, περισσότερο είναι περιγραφή κλάσεων και μεθόδων, σε στυλ user manual,
αλλά οι βασικές έννοιες είναι χρησιμότατες στην πράξη για ανάπτυξη εφαρμογών.

Η ύλη ολοκληρώνεται με τα κεφάλαια που αφορούν τα sockets, που αποτελούν ουσιαστικό τμήμα της ύλης. Αναφορικά με τα sockets, έχουμε κάνει τα
εξής 3 κεφάλαια: κεφάλαιo 8, Sockets for Clients, κεφάλαιο 7, Sockets for Servers και Κεφάλαιο 12, UDP.

Ο διδάσκων
Στέργιος Παπαδημητρίου

The post Εξετασθέα ύλη στα μαθήματα Βϊοπληροφορική και Προγραμματισμός Δικτύων appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email επικοινωνίας για τους ενδιαφερόμενους: sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακή εργασία για παράλληλη επεξεργασία next generation DNA sequencing data σε GPUs appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

H Apache Common Maths είναι μια open source library που υποστηρίζει ευρύ πεδίο Επιστημονικού Υπολογισμού παρέχοντας υψηλής ποιότητας υλοποιήσεις πολλών βασικών αλγοριθμων σε Java.
Περιέχεται by default στην εγκατάσταση της ScalaLab που είναι ένα περιβάλλον επιστημονικού υπολογισμού, βασισμένο στην γλώσσα προγραμματισμού Scala για την Java Virtual Machine.
Στα πλαίσια της πτυχιακής θα αναπτυχθούν εφαρμογές των δυνατοτήτων της Apache Common Maths από την ScalaLab, π.χ. μπορεί να είναι αλγόριθμοι machine learning ή pattern recognition βασισμένοι σε μοντέλα machine learning που υπάρχουν υλοποιημένα στην Apache Common Maths, μπορεί να είναι εφαρμογές αλγορίθμων βελτιστοποίησης (optimization), επεξεργασία σημάτων με μετασχηματισμούς, στατιστική ανάλυση δεδομένων, ολοκλήρωση διαφορικών εξισώσεων, etc.
Οι εφαρμογές θα αναπτυχθούν στην ScalaLab που υποστηρίζει μια γλώσσα που είναι επέκταση της Scala, αλλά για scripting εφαρμογές είναι πολύ εύκολη, επειδή είναι σαν MATLAB.

Θέμα 2

Ανάπτυξη MATLAB like plotting interface για την Java βιβλιοθήκη plotting Orson Charts

Τα Orson charts (https://github.com/jfree/orson-charts) παρέχουν καλής ποιότητας plotting functionality για εφαρμογές Java. Σε επιστημονικές εφαρμογές όμως είναι πιο εύχρηστο να μπορούν να χρησιμοποιηθούν άμεσα για plotting διανυσμάτων και πινάκων στην μορφή του interface της MATLAB.
Στα πλαίσια της πτυχιακής θα αναπτυχθεί κώδικας Java που θα παρέχει τέτοιο απλοποιημένο interface. Σαν παράδειγμα μπορεί να χρησιμοποιηθεί κώδικας Java που ανέπτυξα για παρόμοιο interface των βιβλιοθηκών jMathPlot και JFreeChart για την χρησιμοποίησή τους στην ScalaLab και στην GroovyLab.

Θέμα 3

Next Generation Sequencing στην ScalaLab

H Scala και το περιβάλλον ScalaLab παρέχουν ισχυρή υπολογιστική βάση για ανάπτυξη εφαρμογών next generation sequencing στην Βϊοπληροφορική.
Στα πλαίαια της πτυχιακής αρχικά θα γίνει μια καλή θεωρητική μελέτη του θέματος, δίνοντας έμφαση στα πλεονεκτήματα που παρέχει το συναρτησιακό μοντέλο προγραμματιsμού (functional programming) για μαζική παράλληλη επεξεργασία δεδομένων.
Στο πρακτικό τμήμα της πτυχιακής, θα εφαρμοστούν open source βιβλιοθήκες Java/Scala για επεξεργασία next generation sequencing data sets μέσα από το περιβάλλον ScalaLab.

Οι ενδιαφερόμενοι παρακαλούνται να επικοινωνήσουν με email, ώστε να προγραμματίσουμε την περαιτέρω πιθανή συνεργασία μας.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Προτεινόμενα θέματα πτυχιακών εργασιών appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Από το βιβλίο «Πραγματολογία των γλωσσών προγραμματισμού»

1. Κεφάλαιο 1 – Εισαγωγή, όλο

2. Κεφάλαιο 2 – Σύνταξη των γλωσσών προγραμματισμού, σελ. 65-102,μέχρι δηλ. την ανοδική συντακτική ανάλυση

3. Κεφάλαιο 3 – Ονόματα, εμβέλεια και δέσμευση, σελ. 123-159

4. Κεφάλαιο 9 – Αφαίρεση δεδομέμων και αντικειμενοστραφείς γλώσσες, σελ. 439-472

Η παραπάνω ύλη υπερκαλύπτει τις απαιτήσεις του μαθήματος και των εξετάσεων, οι σελίδες 1-76 των ξενόγλωσσων σημειώσεων έχουν ένα υποσύνολο του υλικού της πραγματολογίας, σε πιο αναλυτική παρουσίαση ορισμένων σημείων και μπορούν να χρησιμοποιηθούν βοηθητικά.
Επίσης στην ύλη είναι και οι σελίδες 315-319 των ξενόγλωσσων σημειώσεων, όπου γίνεται περιγραφή της αρχιτεκτονικής της Java Virtual Machine.

Εξετασθέα ύλη στα Λειτουργικά Συστήματα

Από το βιβλίο του Tanenbaum,

Κεφάλαιο 1, Εισαγωγή (σελ. 31-117)
Κεφάλαιο 2, Διεργασίες και Νήματα (σελ. 123-220)
Κεφάλαιο 3, Διαχείριση Μνήμης (σελ. 227-309)

Τις σημαντικότερες έννοιες τις είχαμε διευκρινήσει στις παραδόσεις, όμως όλο το υλικό πρέπει να διαβαστεί με την σειρά για να υπάρχει συνέχεια και να μην δημιουργούνται κενά.

Οι ξενόγλωσσες σημειώσεις είναι βοηθητικές, και για τις εξετάσεις το βιβλίο του Tanenbaum υπερκαλύπτει την ύλη.

Στέργιος Παπαδημητρίου
21-Δεκεμβρίου 2016

The post Εξετασθέα ύλη στα μαθήματα Μεταγλωττιστές και Λειτουργικά Συστήματα appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

«High throughput sequencing: technologies, algorithms and clinical applications»

Οι νέες τεχνολογίες high-throughput sequencing που αναπτύχθηκαν πρόσφατα δημιουργούν προϋποθέσεις για δραματικές βελτιώσεις στις ιατρικές πρακτικές και στην αντιμετώπιση ασθενειών όπως οι διάφορες μορφές καρκίνου.

Οι υπολογιστικές απαιτήσεις που υπεισέρχονται από τον τεράστιο όγκο δεδομένων που δίνουν οι νέοι sequencers είναι σημαντικότατες.

Στα πλαίσια της πτυχιακής θα μελετηθούν τεχνολογίες για high-throughput sequencing, αλγόριθμοι για την επεξεργασία των δεδομένων και εφαρμογές στην κλινική πρακτική που ανοίγονται από την νέα τεχνολογία.
Ενδεχόμενη υλοποίηση κάποιων αλγορίθμων, προφανώς είναι επιθυμητή, είναι προαιρετικό τμήμα όμως της πτυχιακής.

Στέργιος Παπαδημητρίου
sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακή εργασία στην Βϊοπληροφορική για high-throughput sequencing appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Η cling είναι ένας C++ interpreter για την LLVM clang++. Λειτουργεί όμως σε console mode και συνεπώς είναι δύσχρηστη η χρησιμοποίηση του interpreter ως ένσ application prototyping tool ή ως ένα educational tool για την εκμάθηση της C++. Στα πλαίσια της πτυχιακής θα χρησιμοποιηθεί το open source framework FLTK (για portable http://www.fltk.org/index.php) user interfaces σε C++, για να αναπτυχθεί ένα layer γραφικής διασύνδεσης της cling.
Η πτυχιακή αυτή είναι για όσους θέλουν να μάθουν πολύ καλά C++. Το συνιστώμενο περιβάλλον ανάπτυξης είναι Linux ή Mac OS X.

< Πτυχιακή με θέμα: «Συνδυασμός C++ με Java στο πλαίσιο της ανάπτυξης επιστημονικο-τεχνολογικών εφαρμογών»

Η Java με την C++ μπορούν να είναι γλώσσες που να συνυπάρχουν και να συνεργάζονται αποδοτικά σε μια σύνθετη εφαρμογή επιστημονικο-τεχνολογικού χαρακτήρα, δηλ. που να απαιτεί π.χ. χρησιμοποίηση αλγορίθμων επεξεργασίας εικόνας, αναγνώρισης προτύπων, δικτυακής υποστήριξης κ.λ.π.
Η Java γενικά είναι ευκολότερη, περισσότερο portable σε οποιαδήποτε μηχανή, και ασφαλέστερη, ενώ από την πλευρά της η C++ έχει τα δικά της πλεονεκτήματα, όπως δυνατότητα άμεσης προσπέλασης στο υλικό, περισσότερες δυνατότητες βελτιστοποίησης του κώδικα, άμεση διασύνδεση με παράλληλες αρχιτεκτονικές.
Στα πλαίσια της πτυχιακής θα μελετηθούν πρώτα θεωρητικά τα πλεονεκτήματα / μειονεκτήματα της κάθε γλώσσας. Στην συνέχεια θα μελετηθούν πλαίσια για συνδυασμό των δύο γλωσσών με προτίμηση στο JavaCPP σύστημα. Μετέπειτα θα αναπτυχθεί ο τρόπος με τον οποίο το JavaCPP πετυχαίνει να ενσωματώσει σε Java προγράμματα ισχυρές βιβλιοθήκες κώδικα C/C++ όπως η GNU Scientific Library. Τέλος, θα παρουσιαστεί η ολοκλήρωση βιβλιοθηκών C/C++ στο high level Java based scripting περιβάλλον της ScalaLab.

Πτυχιακή με θέμα: «Μελέτη του AparAPI της AMD για ανάπτυξη παράλληλων εφαρμογών σε Java»

Το πλαίσιο AparAPI της AMD επιτρέπει την μαζική παραλληλοποίηση εφαρμογών Java με υποστήριξη του compilation σε πλατφόρμα OpenCL. Στα πλαίσια της πτυχιακής θα γίνει θεωρητική παρουσίαση, αρχικά της OpenCL, στην συνέχεια περιγραφή του AparAPI framework με έμφαση στην περιγραφή τόσο των πλεονεκτημάτων όσο και των περιορισμών που παρέχει λόγω του higher-level programming σε σχέση με τον προγραμματισμό απευθείας σε OpenCL. Τέλος, θα αναπτυχθούν και μικρές εφαρμογές, παραδείγματα που θα συμπληρώνουν το θεωρητικό τμήμα.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακές για C++ scripting, για συνδυασμό C++ με Java και για OpenCL σε Java appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Παρέχονται δύο νέα θέματα πτυχιακών εργασιών τα οποία είναι πρωτίστως ουσιαστικής θεωρητικής μελέτης
που θα συμπληρώνεται με ελεύθερη ανάπτυξη μικρών παραδειγμάτων – εφαρμογών.

Θέμα 1

Η γλώσσα επιστημονικού υπολογισμού R, το περιβάλλον R Studio και εφαρμογές τους στην Βϊοπληροφορική

Η γλώσσα R αποτελεί μια γλώσσα τύπου MATLAB με την βασική διαφορά ότι είναι open source και αναπτύσσεται κυρίως σε ακαδημαϊκό περιβάλλον. Το R Studio είναι ένα περιβάλλον προγραμματισμού που επιτρέπει τον προγραμματισμό στην R με την ευκολία χρήσης της MATLAB. Στα πλαίσια της πτυχιακής θα παρουσιαστούν μεθοδικά τα χαρακτηριστικά της R και θα γίνουν εφαρμογές τους στην Βϊοπληροφορική, όπου η R είναι ιδιαίτερα δημοφιλής.

Θέμα 2

Παράλληλος υπολογισμός με OpenCL

Η OpenCL παρέχει σε αντίθεση με την CUDA που εξειδικεύεται σε NVIDIA GPUs, την δυνατότητα να πραγματοποιούμε parallelization της εφαρμογής μας σε ετερογενή hardware (π.χ. multicore CPUs, GPUs οποιουδήποτε vendor). Στα πλαίσια της πτυχιακής θα μελετηθεί και θα παρουσιαστεί η πλατφόρμα OpenCL, θα συγκριθεί με την τεχνολογία NVIDIA CUDA και θα αναπτυχθούν χαρακτηριστικές εφαρμογές παραδείγματα.

Στέργιος Παπαδημητρίου

email: sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακές σε Βϊοπληροφορική και Παράλληλη Επεξεργασία appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.

Η Groovy είναι μια scripting Java like γλώσσα, περισσότερο εύχρηστη και συμβατή με την Java. Το περιβάλλον GroovyLab

https://github.com/sterglee/GroovyLab

δίνει την δυνατότητα για εργασία σε στυλ MATLAB με βιβλιοθήκες Java.

Στα πλαίσια της προτεινόμενης πτυχιακής εργασίας θα χρησιμοποιηθεί η BioJava που είναι μια ισχυρή βιβλιοθήκη Java για Bioinformatics, ως GroovyLab toolbox.
Στην συνέχεια θα αναπτυχθεί σειρά παραδειγμάτων, τα οποία μπορεί να είναι και παραλλαγές στα παραδείγματα που ήδη έχει η BioJava στο BioJava cookbook και στο BioJava tutorial.

Στέργιος Παπαδημητρίου
email: sterg@teiemt.gr

The post Πτυχιακή σε Βϊοπληροφορική appeared first on Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης.